Innerhalb der meisten CFD Tools besteht die Möglichkeit Transportgleichungen für chemische Komponenten sowie deren chemische Reaktionen abzubilden. Nachfolgend beispielhaft anhand einer Methanverbrennung. Dabei wird die Energieerhaltung ebenso, wie auch in der Gasphase auftretende Strahlung berücksichtigt. Solche Verbrennungssimulationen können sowohl kompressibel, als auch inkompressibel berechnet werden.

Ebenfalls möglich sind Berechnungen mit Phasenübergängen, z.B. Verdampfung von Wassertropfen in heissen Gasströmungen in Quenschen oder ähnlichem.